«Խղճի ազատության և կրոնական կազմակերպությունների մասին» օրենքի 5-րդ հոդվածի «բ»-«ե» ենթակետերի համաձայն կրոնական կազմակերպությունների գրանցման համար փորձագիտական եզրակացություն տալու լիազորությունը ՀՀ կառավարության 2002թ. մարտիի 6-ի N204 որոշումով վերապահվել է Հայաստանի Հանրապետության կառավարության աշխատակազմին: «Հայաստանի Հանարպետության աշխատակազմ» պետական կառավարչական հիմնարկի կանոնադրությունը սահմանվել է ՀՀ կառավարության 02.05.02թ. N726-Ն որոշմամբ: ՀՀ կառավարության 2003թ. նոյեմբերի 27-ի N 1556-Ն որոշումով ՀՀ կառավարության աշխատակազմին տրվել է նաև ազգային փոքրամասնությունների հարցերով լիազոր մարմնի գործառույթները, և ստեղծվել է ՀՀ կառավարության աշխատակազմի ազգային փոքրամասնությունների և կրոնի հարցերի վարչություն: Անհրաժեշտության դեպքում այն կարգավորում է կրոնական կազմակերպությունների հետ կապված խնդիրները: Այդ նպատակով ազգային փոքրամասնությունների և կրոնական հարցերի հետ կապված խնդիրների պատասախնատութներ են նշանակվել Երևանի քաղաքապետարանում և ՀՀ բոլոր մարզերի մարզպետարաններում:

Համաձայն «Խղճի ազատության և կրոնական կազմակերպությունների մասին» օրենքի 23-րդ հոդվածի, պետության և կրոնական կազմակերպությունների հարաբերությունները կարգավորում է Հայաստանի Հանրապետության կառավարության կողմից լիազորված պետական կառավարման մարմինը: Նա՝
բ) կրոնական կազմակերպությունների խնդրանքով աջակցում է առանձին հարցերի շուրջ պետական մարմինների հետ համաձայնության գալուն և անհրաժեշտ օգնություն է ցույց տալիս այդ հարցերի լուծմանը պետական մարմինների կողմից,
գ) պետության անունից որպես միջնորդ մասնակցում է Հայաստանի կրոնական կազմակերպությունների միջև ծագող հարցերի և վեճերի լուծմանը,
դ) իրականացնում է սույն օրենքով նախատեսված լիազորությունները:
Նույն հոդվածը նախատեսում է նաև, որ պետության և կրոնական կազմակերպությունների սույն օրենքով չկանոնագրված հարաբերությունները կարգավորում են պետության և համապատասխան կրոնական կազմակերպությունների վարչությունների համաձայնությամբ:

Կրոնական ոլորտի կարգավորման պետական խորհրդակցական մարմիններից է ՀՀ վարչապետին առընթեր կրոնի հարցերով խորհուրդը, որի ստեղծումն ամրագրված է ՀՀ վարչապետի 2002թ. օգոստոսի 12-ին N 478-Ն որոշամբ: Խորհրդի կազմում ներառվել են հասարակության մեջ առավել լայն տարածում ունեցող և Հայաստանի համար ավանդական երեք եկեղեցիների՝ Հայաստանյայց Առաքելական Սուրբ Եկեղեցու, Հայ կաթողիկե եկեղեցու և «Հայաստանյայց ավետարանական եկեղեցու» ներկայացուցիչները: Այն խորհրդակցական մարմին է, որն առաջարկություններ է ներկայացնում ՀՀ վարչապետին կրոնի ոլորտում պետական քաղաքականության արդյունավետության բարձրացման, հասարակության մեջ կրոնական կազմակերպությունների և ազգային փոքրամասնությունների հանդուրժողական ու կառուցողական համակեցությանը նպաստելու, ինչպես նաև հիշյալ կազմակերպությունների և պետության միջև փոխհարաբերությունների կարգավորման վերաբերյալ:

ՀՀ օրենսդրությամբ սահմանված խղճի, դավանանքի, համոզմունքի իրավունքների և դրանց իրագործման պաշտպանությունն ու ապահովումն իրականացվում է ՀՀ կրոնի հարցերով պետական լիազոր մարմնի, ՀՀ մարդու իրավունքների պաշտպանի և ՀՀ արդարադատության համակարգի միջոցով:

ՀՀ կառավարության գործնական քաղաքականության արտահայտությունն է ՀՀ կառավարության գործունեության ծրագիրը, որն ամրագրվել է ՀՀ կառավարության 17.06.03թ. N691-Ա որոշմամբ:

Պետության և կրոնական միավորումների միջև հարաբերությունների կարգավորման կարևոր եզրերից է եկեղեցու և պետության տարանջատումը, և պետության կողմից կրոնական կազմակերպությունների գործունեությունը և քարոզչությունը չֆինանսավորելը, որոնք ամրագրված են «Խղճի ազատության և կրոնական կազմակերպությունների մասին» ՀՀ օրենքում (հոդված 17, 18):

Հայաստանի կրոնական ոլորտը կարգավորող պետական համակարգը

– ՀՀ Կառավարության աշխատակազմի Ազգային փոքրամասնությունների և կրոնի հարցերի վարչություն
պետ՝ Հրանուշ Խառատյան, հեռ. 58-16-63

– ՀՀ վարչապետին առընթեր կրոնի հարցերով խորհուրդ նախագահ՝ ՀՀ վարչապետ
ՀՀ վարչապետի խորհրդական կրոնի հարցերով՝ Ռազմիկ Մարկոսյան, հեռ. 54-06-34

– ՀՀ Արդարադատության նախարարություն Պետական ռեգիստրի գործակալություն
ղեկավար՝ Գուրգերն Սարգսյան, հեռ. 52-46-00

ՀՀ մարդու իրավունքների պաշտպան Արմեն Հարությունյան, հեռ. 53-88-31
ՀՀ Ազգային ժողովի Գիտության, կրթության, մշակույթի և երիտասարդության հարցերի մշտական հանձնաժողով
նախագահ՝ Հրանուշ Հակոբյան, հեռ. 58-83-31

ՀՀ Նախագահի Գիտության, կրթության, մշակույթի, ազգային փոքրամասնությունների և կրոնի հարցերով խորհրդական՝ Սերգո Երիցյան, հեռ. 52-13-92