После разгрома Константинополя великая Византийская империя по сути перестала существовать и распалась на множество частей. Многие греки бежали с оккупированной латинянами земли и оседали в землях, еще не захваченных крестоносцами. Мощным греческим центром стала Никея, туда же после захвата Константинополя явился и Феодор Ласкарис, надеявшийся на поддержку своего брата Константина.
Феодор происходил из благородного, но не очень знатного семейства Ласкарисов. В 1199 году он женился на дочери императора Алексея III Ангела — Анне. Император не имел сыновей, поэтому тщательно подбирал мужей дочерям. В 1203 году император даровал зятю титул деспота и привлек его к обороне Константинополя, где тот проявил свое мужество и отвагу. Но город все же пал под натиском европейцев. После событий 1204 года император стал скитаться по осколкам своей бывшей империи, а Феодор с женой и детьми направился в Никею, где тогда уже обосновался его брат Константин. «Держава ромеев, как грузовое судно, подхваченное злыми ветрами и волнами, раскололась на множество мелких частей, и каждый, разделив ее как кому досталось, унаследовал: один — одну, другой -другую часть». В Малой Азии сформировалось четыре основных греческих владения: Родос, которым правил Лев Гавала, Филадельфия под руководством Феодора Манкафа, а также Трапезундская и Никейская империи. Первую основали внуки Андроника I Алексей и Давид Комнины, а вот Никея обязана своим становлением Ласкарисам.
Поначалу, когда Феодор прибыл в Никею, горожане отказались признать его власть и впустили только жену и детей, да и то только потому, что она была дочерью бывшего императора. Феодор же был вынужден уйти в Прусы и там начать собирать армию. Между тем крестоносцы продолжали волновать греков: мало того, что люди устали от их насилия и вымогательств, так еще возникла угроза религиозного порабощения. Среди народа все чаще стала возникать идея объединиться против врага под властью одного из предводителей. Феодор Ласкарис оказался наиболее выгодным претендентом, т. к. Состоял в родстве с императором и получил от него титул деспота. Однако в Никее не было патриарха, Иоанн X бежал в Дидимотику и отказался возвращаться оттуда, сложив с себя сан. Поэтому Феодор не сразу смог стать императором.
Осенью 1204 года крестоносцы направились в Малую Азию. Противостояние шло с переменным успехом, пока весной 1205 года латиняне не разбили при Адрамитии войско брата Феодора Константина. Греки оказались в критическом положении, а Феодор не решался атаковать врага своими незначительными силами. Тогда он запросил помощи у сельджуков. Те предоставили грекам союзное войско, потому что латиняне быля для них опасными соседями. Но в начале апреля латинские войска спешно отозвали из-за того, что на Балканах началась война с болгарами. Латиняне и греки заключили перемирие, а Феодор с помощью сельджукского войска подчинил себе оставленные латинянами земли. В 1207 году в Никеи был избран партриарх Михаил IV. Он короновал Феодора весной следующего года. Так зародилась Никейская империя.
Взойдя на престол император поклялся «выбить из восточных городов западную проклятую рать, безвозбранно вторгшуюся в ромейскую державу, истребившую ее и опустошившую, как тучи саранчи, отразить наступающее латинское войско, которое всегда захватывает ближайшее, как гангрена». Нужно было объединить под своим началом земли, захваченные мелкими узурпаторами после развала Византии. Феодор вел непримиримую борьбу с латинянами и вступал с ними в схватку при первой же возможности. И даже несмотря на то, что реальные успехи никейской армии были невелики, Феодору удалось отстоять независимость своей державы. «Этот царь стремительный и неудержимый боец, он подвергал себя опасностям во многих битвах; этот царь поправил множество городов, не жалел издержек на прекраснейшие здания и укрепления, чтобы организовать и сдерживать движение латинян».
Отвагу и мужество императора, как и его войска, отмечали многие. Армию свою Феодор сумел организовать благодаря обширным земельным владениям — в них входили как его родовые земли, так и земли казны, владения церквей и монастырей, оставшиеся без хозяев, земли погибших или перешедших на сторону латинян византийцев. Император активно раздавал награды для сторонников и пронии, его щедрость отмечали современники:”… в битвах стремительный, склонный к гневу и любовным наслаждениям, щедрый на дары”. За обязательную воинскую службу Феодор раздавал вотчинникам-прониарам наделы в управление — они и формировали основу никейской армии. Остальные же на службу нанимались за деньги, но преимущественно среди своих же граждан. Также была сформирована тройна оборона границ. На внешней линии были акриты, общины крестьян-воинов, которых освобождали от налогов и предоставляли земельные льготы. Акриты опирались на цепь из крепостей и замков, в которых располагались сильные наемные гарнизоны. И третьей линией обороны были ополчения из вотчинников-прониаров со своими дружинами. Изменения претерпел и государственный аппарат. Был значительно сокращен штат никейского двора, во главе гражданского ведомства стоял великий логофет, во главе военного — великий стратопедарх. Каждый их них мог заменять императора на случай его отсутствия. Наемниками, базирующимися в столице, командовал великий коноставл.
Никея постепенно становилась выдающимся политическим и культурным центром. При Феодоре империя превратилась в средневековое греческое государство, которое отличал высокий уровень национального самосознания. Никея считалась законной наследницей Византии, в обществе царили настроения патриотизма и совместного сопротивления западным пришельцам. Поначалу силы Феодора в этой борьбе были ничтожны, но постепенно противостояние католическим захватчикам стало всенародным. Греки поражали латинян своим мужеством и стойкостью. Так, при осаде крепости ентиан в 1212 году они ели кожу со щитов и седел, но не сдавались. В итоге после продолжительной и трудной борьбы Генрих I заключил с Феодором мирный договор, который для прочности подкрепил браком Ласкариса со своей сестрой Марией.
Ласкарис быстро вел Никею к могуществу в Малой Азии. Он захватил земли Феодора Манкафы, потом развязал противостояние с Трапезундой. Спустя почти 10 лет Великокомнины потеряли практически все свои земли к западу от реки Галис. В 1211 году на Никею пошли сельджуки. Они заявили, что к султану прибыл император Алексей III и назвал Феодора незаконно удерживающим власть. Султан Кей-Хосров I осадил Антиохию и город Меандру. Тогда никейский император взял 2 тысячи воинов и пошел сельджукам навстречу. Феодор напал на турок и хоть чуть сам не был разбит и взят в плен, выиграл битву и собственноручно обезглавил султана. После такого турки не тревожили Никею 30 лет.
В 1219 году Никейская империя обрела мировое признание, когда при заключении договора с венецианцами Феодор был назван «царем греков». Феодор I Ласкарис умер в Никее в 1221 году. Чтобы уберечь свое государство от распада и междоусобиц, он назначил наследником своего зятя Иоанна Дуку Ватца. Современники так оценивали его личность: «Этот император должен почитаться в качестве отца и родоначальника всеми императорами после него, потому что, как говорилось, когда после взятия царицы городов водоворот охватил Вселенную и, как при потопе, были уничтожены ромейское величие и слава (…) именно он восстановил и императорскую власть и священство. (…) Он возвратил ромеям власть над областями и городами, укрепил и украсил себя архиерейством и синклитом, лучшими полководцами и тагмами, а также частями стратиотских войск. С Божьей помощью и своими трудами он сделал такое, что показал себя почти сверхчеловеком».