Здание церкви — объект культурного наследия регионального значения. До 1917 года оно принадлежало общине Евангелическо-реформатской (Голландской) церкви – старейшей кальвинистской церкви в России. Сейчас церковь делят общины евангельских христиан-баптистов и адвентистов седьмого дня.
Церковь была выстроена в середине XIX века, после того как старая реформатская церковь, располагавшаяся в Немецкой слободе, сгорела в пожаре 1812 года.
Община реформатов в 1834 году купила участок земли с каменным жилым домом в Малом Трехсвятительском переулке. Спустя десять лет здание перестроили для проведения богослужений. А 1865 году из-за роста числа прихожан здание заново перестроили по проекту архитектора Германа фон Ниссена, решившего фасады в модном тогда эклектическом стиле.
В 1917 году, после того как большинство членов реформатской общины покинули Россию, здание было передано общине евангельских христиан, которые в 1944 году объединились с баптистами. С 1940 года в здании проводятся также богослужения Церкви адвентистов седьмого дня.
