Ս․ Մարիամ Աստվածածին կամ, ինչպես տեղացի հույներն են անվանում՝ Մարիամ անեի եկեղեցի: Վանքի գլխավոր եկեղեցին ինչպես վկայում է Կիրակոս Գանձակեցի պատմիչը, կառուցել է Իվանե Աթաբեկը: Կառուցման ճիշտ տարեթիվը պատմիչը չի նշում, ուստի վանք կառուցման ճիշտ ժամանակի մասին գոյություն ունի տարբեր կարծիքներ: Այդ նույն Տակայշվիլին, իր վերը նշված աշխատության մեջ, հիմնվելով եկեղեցու կառուցողական զարդաքանդակների մշակման ձեւերի վրա, այն կարծիքն է հայտնում, թե նա առավելապես Ժ-ԺԱ դարերի գործ է, քան ԺԲ դարի: Մյուս ժամանակ Տակայշվիլին եկեղեցու կառուցման վերաբերյալ Կիրակոս Գանձակեցու վկայություն վերագրում է ոչ թե Ախթալայի վանքին, այլ Ախթալա ավանում գտնվող մեկ ուրիշ եկեղեցու՝ վերջինիս կառուցումը դնելով Իվանեի աթաբեկության առաջին շրջանում՝ ԺԲ դարի վերջին քառորդում: Սակայն Տակայշվիլու թե մեկ եւ թե մյուս կարծիքը, մեր խորին համոզմամբ, ճիշտ չէ եւ անհավանական:
Ախթալայի վանքի կառուցման ժամանակի մասին պետք է նկատի ունենանք նաեւ հետեւյալ հանգամանքը: Թե մատենագրական, թե վիմագրական եւ թե հիշատակագրական աղբյուրներում Զաքարյան այդ երկու եղբայրների՝ Զաքարեի եւ Իվանեի կողմից ձեռնարկված բոլոր միջոցառումները երկրի տնտեսական, շինարարական, մշակութային եւ մյուս այլ բնագավառներում նշվում են երկու եղբայրների անունով միաժամանակ:

Մինչդեռ Ախթալայի վանքի կառուցման վերաբերյալ նշվում է միայն Իվանեի անունը: Դրանից էլ բղխում է այն հավանական ենթադրությունը, որ այդ եկեղեցու կառուցման ժամանակ արդեն վախճանված պետք է լիներ Զաքարեն: Հետեւապես այն կառուցվել է Զաքարեի մահվանից՝ 1213 թվականից հետո, սակայն ոչ ուշ, քան մինչեւ Իվանեի մահը՝ 1227 թվականը: Ինչեւիցե այդ անզուգական հուշարձանը պետք է կառուցված լինի կամ ԺԲ դարի վերջին քառորդում, կամ ԺԴ դարի առաջին քառորդում: Մինչեւ այդ եկեղեցու կառացումը տեղում եղել է մի այլ եկեղեցի, որը կառուցել է վրաց Վախթանգ Գուրգասյան թագավորը Ե դարում, ինչպես այդ մասին նշվեց վերեւում, սակայն այդ եկեղեցու շենքը հիմնովին ավերվում է եւ նրա վայրում կառուցվում է ներկայիս եկեղեցին:

Ս․Աստվածածին եկեղեցին, այսպես կոչված, Գմբեթավոր սրահներ տիպի մի ընդարձակ կառուցվածք է, արեւելյան կողմից ունի կիսակլոր լայն ու խորր աբսիդ՝ քաղկեդոնիկ եկեղեցիներին հատուկ ցածրիկ բեմով: Աբսիդի երկու կողմերում կան կրկնահարկ խորաններ. ստորին հարկի խորանները բավականին ընդարձակ են, արեւելյան կողմից ունեն կիսակլոր աբսիդներ: Հարավային կողմից խոտանների մուտքերը բացվում են դեպի արեւմուտք՝ եկեղեցու կողերի թեւերի ուղղությամբ։
Հյուսիսային կողմի ներքին հարկի խորանի մուտքը կամարակապ այն բացվածքի ձեւով է․մի ուրիշ մուտք էլ այդ խորանից տանում է դեպի բեմը: Եկեղեցու ներսում, արեւմտյան մասում տեղադրված երկու սյուները առանձին կամարներով միանալով արեւելյան աբսիդի եզրերից ձգվում է կիսասյուների հետ, տանիքի կենտրոնում կազմում են քառակուսաձեւ լայն բացվածք, միաժամանակ իրենց վրա կրելով երբեմնի գեղեցիկ գմբեթը:

Սյուները միաժամանակ հատուկ կամարներով միանում են իրենց դիմացի՝ արեւմտյան, հարավային եւ հյուսիսային պատերին կից ձգվող կիսասյուների վրա, կազմելով երեք թեւեր՝ կենտրոնինը համեմատաբար այն, քան կողերինը՝ թաղակապ ծածկերով:
Կիսասյուները միաժամանակ միանում են որմնակամարներով, պատերի վրա առաջացնելով լայն խորշեր, իսկ սյուներն ու կողերի պատերի կիսասյուները միացնող կամարները գոտկում են կողերի թեւերի ծածկի պատը:
Սյուների բները ութակող են, խիստ կարճ, որի հետեւանքով ավելի լայնաթռիչք են դրանցից ելնող կամարները, իսկ կիսասյուների բները երեք կողանի են: Դրանց համապատասխան ձեւով են նրանց խարիսխներն ու խոյակները: Արեւելյան պատի մեջ արտաքուստ կան երկու եռանկյունաձեւ խորը, մեծ նիշեր, որոնց կամարակապ գագաթները զարդարված են բուսական ձեւի ծոպավոր քանդակներով, իսկ եզրերը՝ գունաձեւ կիսասյուներով, որոնք ունեն գեղեցիկ մշակված խարիսխներ ու խոյակներ:
Երեք խոշոր մուտքերը բացվում են արեւմտյան, հարավային եւ հյուսիսային պատերից՝ առաջինը պատի կենտրոնական մասից, իսկ մյուսները՝ պատերի արեւմտյան մասերից, որոնք բոլորն էլ ունեն շքեղազարդ պատակալներ:

Երկուական երկար ու նեղ, կամարապատ գագաթ ունեցուղ լուսամուտներ բացվում են հյուսիսային եւ հարավային ճակատներից, երեքական հատ նույն ձեւի լուսամուտներ էլ բացվում են արեւելյան եւ արեւմտյան ճակատներից, ըստ որի արեւելյան կողմի լուսամուտներից կենտրոնինը բացվում է անմիջապես պատի մեջ, իսկ կողերինը՝ այդ պատի արտաքին նիշերի մեջ, համապատասխան կողերից: Նույնանման մեկական շատ փոքր լուսամուտներ էլ բացվում են խորանների արեւելյան պատերից: Բացի նշված լուսամուտներից, երկու հատ կլոր անցքեր բացվում են արեւելյան պատից, մեկ հատ հարավային խորանի հարավային պատից եւ մեկ հատ էլ հյուսիսային խորանի հյուսիսային պատից:

Թե լուսամուտները եւ թե կլոր անցքերը, մեծ մասամբ ունեն գեղաքանդակ շրջանակներ: Եկեղեցու արտաքին երեսապատը կապտագույն բազալտի շատ մաքուր հղկած խոշոր քարերից է, իսկ ներսի կողմից շարված է զանազան քարերի եւ թրծած աղյուսի կտորներից՝ կրաշաղախով միաձուլված եւ պատած է կրաշաղախի սվաղով: Նույն ձեւով են կառուցված նաեւ սյուների բները: Պատերն արտաքուստ ունեն երեք կարգ ցոգոլ: Ծածկը թաղակապ է՝ երկթեք տանիքով, որը պատած է եղել սալքարերով։ Հատակը պատած է նույն բազալտի հղկած սալքարերով: Ամբողջապես քանդված է գմբեթը, թափված են տանիքի սալքարերը:

Թե ինչպիսին է եղել գմբեթը եւ երբ է քանդվել այն, պարզ չէ, որոշ տեղեկություններից հավաստի է դառնում, որ անցած դարի սկզբներին դեռ կանգուն է եղել այն: Իսկ նրա որպիսության մասին Վախուշտն ասում է, որ ,նրա կաթուղիկեն շատ ճարտարապետական ձեւով է շինվածե, հասկանալի է, որ նա իրոք համապատասխան պետք է լիներ եկեղեցու շենքի հոյակապ կառուցվածքին: Հուշարձանը շքեղորեն զարդարված է բուսական եւ երկրաչափական ձեւերի գեղեցիկ քանդակներով, որոնք մշակված են վերին աստիճանի նուրբ ձեւով: Ներսից սվաղած է կրաշաղախով, որն ամբողջապես պատած է սրբապատկեր եւ զարդանկար որմնանկարներով:

Դրանց մեջ իրենց կատարելությամբ առավել աչքի են ընկնում աստվածամոր նկարը՝ արեւելյան աբսիդի կոնխում, Հիսուսի ծնունդն ու մկրտությունը՝ հարավային ծածկի թաղում եւ ուրիշներ: Որմնանկարների մի մասը անձրեւաջրերի ներս հոսելու հետեւանքով որոշ չափով վնասվել էին Հայաստանի եւ Վրաստանի համապատասխան գիտական հիմնարկների արշավախումբը արվեստի վաստակավոր գործիչ Լիդիա Ալեքսանդրովնա Դուրնովայի ղեկավարությամբ մի շարք տարիների ընթացքում աշխատանքներ էր տանում վերականգնելու որմնանկարների վնասված մասերը:

Սրբավայրը ենթարկվել է մի շարք վերանորոգումների, ըստ որի Մ. Վորոնցովի կարգադրությամբ, ինչպես այդ մասին տեղեկացնում է Ա. Երիցովը , տանիքը՝ թափված սալքարերի փոխարեն ծածկվում է կապտագույն կղմինդրով, իսկ քանդված գմբեթի փոխարեն կառուցվում է կիսագնդաձեւ փայտյա գմբեթ՝ պատած թիթեղով: Սակայն հետագայում տանիքի ծածկի այդ նոր կղմինդրները նորից թափվում են եւ քանդվում է նաեւ նոր շինած փայտյա գմբեթը:

Սովետական իշխանության տարիներին, բացի վնասված որմնանկարների վերականգնումից, մեծ աշխատանքներ են կատարվել հուշարձանի վերանորոգման եւ բարեկարգման ուղղությամբ. Տանիքը ծածկվում է թիթեղով, գմբեթի հիմքի բացվածքի վրա կառուցվում է հատուկ փայտյա ծածկույթ, պատելով այն կարմիր կղմինդրով։ Պատերը մաքրվում է զանազան գրոտումներից, մաքրվում եւ բարեկարգվում է ներսն ու շրջապատը։ Ներսում կազմակերպվում է փոքրիկ հնադարան ուր հավաքվում են շրջակայքում եղած հնագիտական բեկորներ, պատրաստվում են Ալավերդու շրջանում եղած նշանավոր սրբավայրերի լուսանկարներ, ինչպես եւ այդ սրբավայրերի եւ Ախթալայի վանքին վերաբերող գրավոր տեքստեր՝ քաղված մատենագրություններից:

Վանքի ներսում կան մի քանի գերեզմաններ, որոնք ունեն մարմարյոնե տապանաքարեր՝ ներկա դարին վերաբերող ռուսերեն եւ վրացերեն տապանագրություններով:

Աջակողմյան խորանում եղած մի գերեզմանի տապանաքարի վրա կարդացվում է. «ԶՄովսես քահանայս յիշեսջիք յաղոթըս ձեր»:
Եկեղեցու հյուսիսային պատին կից, արտաքուստ կառուցված է փոքրիկ մատուռ, որը շարված է նույն կապտագույն բազալտի մաքուր տաշված քարերով, կրաշաղախի միացությամբ: Ծածկը թաղակապ է. Միակ մուտքը արեւմտյան կողմից է. արեւելյան կողմից ունի փոքրիկ լուսամուտ: Սալահատակված է, տանիքը պատած է սալքարերով: Կառուցման ժամանակը հայտնի չէ, իր կառուցման ձեւով հատուկ է ԺԳ դարին:

Երկրորդ եկեղեցին գտնվում է գլխավոր եկեղեցու արեւմտյան կողմում, կից, հարավային թեւի ուղղությամբ։ Կառուցման ճիշտ ժամանակը հայտնի չէ, պարզորոշ նկատվում է, որ կառուցված է գլխավոր եկեղեցուց հետո եւ կից սրահից առաջ: Եւ որովհետեւ այդ սրահում է թաղված Իվանե Աթաբեկը, ապա վանքում կառուցված պետք է լինի մինչեւ Իվանեի մահը, այսինքն՝ մինչեւ 1227 թվականը: Հայ-քաղկեդոնիկ եկեղեցիներին բնորոշ մի կառուցվածք է՝ արեւելյան կողմից առանց հատուկ աբսիդի, շատ ցածրիկ խորանով: Հատակագիծը երկարաձիգ ուղիղ քառանկյունի է, ծածկը՝ թաղակապ: Ներսում, կողերի պատերին կից ձգվող որմնասյուները միանում են կամարով, գոտկելով ծածկի թաղը:

Երկու մուտքերից մեկը բացվում է արեւմտյան կողմից՝ պատի կենտրոնական մասից, իսկ մյուսը՝ հյուսիսային կողմից՝ պատի արեւմտյան ծայրից՝ սրահի մեջ: Երկու երկար ու նեղ, կամարակապ գագաթ ունեցող լուսամուտներ բացվում են հարավային պատից, նման մի լուսամուտ էլ բացվում է արեւմտյան պատից՝ մուտքի վերեւում:
Կառուցված է կապտագույն բազալտի սրբատաշ քարերով՝ կրաշաղախի միացությամբ։ Պատերն արտաքուստ ունեն երեք կարգ ցոգոլ։ Տանիքը պատած է եղել սալքարերով, որոնք ժամանակի ընթացքում թափվել են եւ այժմ պատած է կղմինդրով։ Սալահատակված է եղել, որն ամբողջապես քանդված է։

Այս հուշարձանը, առավել շքեղորեն, զարդարված է բուսական ու երկրաչափական ձեւերի շատ գեղեցիկ քանդակներով, որոնց մշակման նրբությունը հասցված է բարձր կատարելության: Առանձնապես հետաքրքիր եւ ուշագրավ են պատերի արտաքին երեսներից ձգվող գլանաձեւ բներ ունեցող կիսասյուները՝ խիստ բնորոշ ու գեղազարդ խարիսխներով եւ խոյակներով, որոնք միանալով որմնանկարներով, պատերի վրա առաջացնում են լայն նիշեր: Նույնպիսի շքեղությամբ են մշակված նաեւ մուտքերի եւ լուսամուտների շրջանակները:

Սրահը գտնվում է գլխավոր վանքի արեւմտյան, իսկ երկրորդ վանքի հյուսիսային կողմերում՝ կից երկուսին: Այս սրահի կառուցման ճիշտ ժամանակը նույնպես որոշ չէ. սակայն ակներեւ է, որ նա կառուցված է եկեղեցիներից հետո՝ նույն Իվանե Աթաբեկի միջոցով: Ինչպես պարզվում է Կիրակոս Գանձակեցու, Ստեփանոս Օրբելյանի եւ Վարդան Բարձրաբերդցու վերը մեջ բերված վկայություններից, այս սրահում պետք է թաղված լինեն Իվանե Աթաբեկը եւ իր որդի Ավագը:

Խաչաձեւ հատվածք ունեցող երեք մույթերը եւ գլխավոր վանքի արեւմտյան պատի արտաքին երեսին կից ձգվող երեք որմնասյուները իրար հետ միանալով առանձին կամարներով, նախ կազմում են թաղակապ ծածկը, ապա արեւմտյան կողմից երկու եւ հյուսիսային ու հարավային կողմերից մեկականկամարակապ լայն բացվածքներ, իսկ գլխավոր եկեղեցու պատի վրա՝ երկու լայն խորշեր: Սրահը նույնպես կառուցված է կապտագույն բազալտի սրբատաշ մեծ քայլերով, քանդակազարդ է:
Սալահատակված է. տանիքը պատած է սալքարերով, որոնց մի մասը թափված է: Նկատվում է վերանորոգումների առանձին հետքեր: Սրահում կան մի քանի գերեզմաններ՝ հարթ երես ունեցող տապանաքարերով, որոնց վրա կան ռուսերեն եւ վրացերեն լեզուներով փորագրված տապանագրություններ:

Երրորդ եկեղեցին գտնվում է նախորդներից մի փոքր դեպի հյուսիս-արեւմուտք: Կառուցված է ժԹ դարում: ԺԹ դարասկզբին ռուսաց Ալեքսանդր Ա կայսեր հրամանագրով սկիզբ է դրվում Ախթալայի վանքի վերանորոգմանը։ Այնուհետեւ այստեղ հաստատված Աստվածասեր վանականները խթանում են վանքի հոգեւոր կյանքը։ Ախթալայի վանքի պայծառացման գործում մեծ երախտիք ունի Փիլարետոս վանահայրը, ով Ս․ Բարսեղ Կեսարացու եկեղեցու ավերակների վրա կառուցել է Ս․ Նիկողայոս Սքանչելագործին ու Ս․ Փիլարետոս Ողորմածին նվիրված տաճարը, ինչպես նաեւ նոր վանատունը։ Ի դարասկզբին վանքը երեսունից ավելի միաբան ուներ։ Ցավոք, Սովետական ժամանակաշրջանում Ախթալայի վանքը փակվում է՝ զրկվելով միաբանությունից։

Ս․ Բարսեղ Կեսարացու եկեղեցին, որի ավերակների վրա կառուցվել է Ս․ Նիկողայոս Սքանչելագործի եկեղեցին, գմբեթավոր փոքր մի կառուցվածք է, ուղիղ քառանկյունի հատակագծով: Արեւելյան կողմից ունի կիսակլոր փոքր աբսիդ՝ ցածրիկ խորանով:
Կառուցված է նույն կապտագույն բազալտի մաքուր տաշված քարերով, կրաշաղախի միացությամբ։