VI դարում քրիստոնեություն ընդունելուց հետո, Նուբիայի տեղական, ինչպես և Եթովպական եկեղեցին կրում էր Եգիպտական մշակույթի և կրոնի ազդեցությունը: Տարածաշրջանի երկու հյուսիսային թագավորությունները` Նոոբատիան և Մակուրիյան` կենտրոնական մասում Դանգոլա մայրաքաղաքով (որոնք VIII սկզբին միավորված էին մեկ կառավարման ներքո) և հարավային նումբիական Ալվա թագավորությունը, դարձից անմիջապես հետո միավորվեցին միաստվածների ճամբարին: Հետաքրքրական է, որ նուբիստները չունեին միասնական ազգային գիտակցություն: Այն կազմված էր երեք առանձին թագավորություններից, և բնակիչները երբեք չէին խոսում իրենց մասին` որպես մեկ միասնական նուբիական ժողովրդի ներկայացուցչի:
Նուբիական եկեղեցին ղեկավարվում էր Ղպտի Եգիպտական եկեղեցու կողմից: Բոլոր եպիսկոպոսները նշանակվում էին անմիջապես Կահիրեի պատրիարքի կողմից և պատասխանատու էին միայն նրան: Նուբիայում Եկեղեցին կազմակերպված չէր, քանի որ չկար եկեղեցական ինքնավարություն ու ինքնավար ազգային կրթություն: Այն դիտվում է որպես Ղպտի Եկեղեցու մաս: Այս վերահսկողության արդյունքում Եկեղեցին չի կարողանում մարդկանց մեջ զարգացնել էթնիկական համերաշխության զգացում, որը սովորաբար որոշիչ գործոն է ինքնավար ազգային եկեղեցիների գոյատևման:
Երբ Նուբիյական քրիստոնեությունը բախվեց քաղաքական և սոցիալական կառույցների փոփոխություններին, անհրաժեշտ կազմակերպական միասնությունը իրականություն չդարձավ: Մեկ այլ կարևոր գործոն, որը նպաստում է Ասուանից հարավային շրջանում քրիստոնեության դանդաղ ոչնչացման և, ի վերջո, անհետացման, Նուբիյան Եկեղեցու նրա սահմաններից դուրս քրիստոնեական աշխարհի հետ կապ հաստատելու պակաս հնարավորություններն էին:
Չնայած նրան, որ Նուբիայի Եկեղեցին ենթարկվում էր Կահիրեին, Ղպտի լեզուն չդարձավ դրա հիմնական եկեղեցական ծիսական լեզուն: Հետաքրքրական է, որ նուբիական հաղորդությունը (որը հարակից տարբերակն էր Սբ. Մարկոսի պատարագի) մինչև XII դ. իրականացվել է հունարենով: Բայց դրան զուգահեռ, IX դարում, սկսեցին օգտագործել հին նուբիական լեզուն: Կուսակրոնությունը, որը Եգիպտոսում կարևոր դեր էր կատարում, Նուբիայում քիչ հայտնի երևույթ էր: Հնագիտական պեղումների ժամանակ ամբողջ ընդարձակ երկրում հայտնաբերել են շատ քիչ թվով վանքեր: Սա նույնպես նուբիական եկեղեցու որոշակի թուլության ցուցանիշ էր:
Արաբական զավթումների արդյունքում Նուբիան կտրվեց բոլոր հնարավոր կապերից Բյուզանդիայի և, ընդհնարապես, ողջ քրիստոնեական աշխարհի հետ: Այնուամենայնիվ, դարերի ընթացքում, հնարվոր է եղել ընդդիմանալ մուսուլմանական հարձակումներին և պահպանել քրիստոնեությունն ու սեփական քաղաքական անկախությունը: Այն մինչև միջնադար շարունակել է մնալ որպես քրիստոնեական երկիր:
1323թ. Մակուրի կառավարությունը, որն ամնեախոշորն էր նուբիական թագավորություններից, ընդունեց իսլամ: Բնակչությունը քիչ-քիչ հետևեց իրենց տիրակալին: Ալուա շարունակեց մնալ որպես քրիստոնեական մինչև XVI դարի սկիզբը: Հենց այդ ժամանակաշրջանում էլ Նուբիան անցավ իսլամական կառավարության տակ:
