Սուրբ Նիկողայոսի եկեղեցին կառուցվել է 1820թ.: Եկեղեցու ճարտարապետության մեջ ներդաշնակորեն ձուլվել են հայ ժողովրդի ավանդույթներն ու ռուսական կլասիցիզմը: Կառույցը կերտված է հարթատաշ սպիտակ ապարաքարերից: Ինչ որ ժամանակ այն եղել է գմբեթավոր բազիլիկ, որի երեք անվակունդները շրջապատված էին կամարներով, զոհասեղանը ավարտվում էր կիսաշրջանաձև ափսիդով: Չորս սյուների վրա հենված ութանկյուն թմբուկներն ու գմբեթը քայքայված են: Կառույցի բակը ամենալավ պահպանվածն է: Հատկանշական է տարբեր ձևերի պատուհանախոռոչների համադրությունը, որոնք տեղադրված են երկու մակարդակների վրա: Ուղղանկյունաձև պատուհանների ներքին շարքի վրա` ձևավորված աղեղնաձև գագաթներով, տեղադրված է շրջանաձև բացվածքների շարքը: Արևելյան պատին պահպանվել է խաչքար, որը հայկական մշակույթի անքակտելի մասն է:
1825թ. նշանավոր հայ ճանապարհորդ Վենետիկի Մխիթարյան միաբանության անդամ, ազգագրագետ Մինաս Բժիշկյանը, ճամփորդելով Ղրիմում, նշում է Եվպատորիայում գոյություն ունեցող հայ համայնքի մասին, որը բաղկացած էր 90 հայ տներից և անավարտ Սուրբ. Նիկողայոս եկեղեցուց: «1817թ. – ի Հունիս 18, առաջին Եկեղեցու տեղում նրանք հիմնել են ներկայիս քարե եկեղեցին` նույն անունով, որը կանգնեցվել է լայն Շքեղ կամարների վրա: Եկեղեցին ունի երեք դռներ և սյունաշար բակ, բայց առանց տանիքի: Հայերն իրենց պաշտամունքն իրականացնում են զանգակատանը»:
Մինչև 1778թ. այստեղ արդեն գոյություն ուներ Սուրբ Նիկողայոսի եկեղեցի, որն ավելի ուշ այրվել է թարթարների կողմից: Նոր եկեղեցու շինարարությունը ավարտվել է մոտավորապես XIXդ. 30-40ականներին: Սակայն ժամանակագրությունը խիստ անորոշ է, քանի որ Ն. Մուրզակևիչը, նկարագրելով ճամփորդությունը Ղրիմ 1836թ.-ին գրում է. «Քարաիմների օրինակով, որոնք կառուցել էին գեղեցիկ սինագոգ, հայերը սկսեցին կառուցել գեղեցիկ եկեղեցի, որը դրամի չբավականացման պատճառով մնաց անավարտ»:
